یکی از مباحث چالش برانگیز در تفسیر قرآن، بحث انزال سکینه در آیه‌ 40 توبه و به ویژه چیستی مرجع ضمیر «علیه» در عبارت « فَأَنْزَلَ اللَّهُ سَکٖینَتهۥ عَلَیْهِ » است. مفسران فریقین با برخی پیش‌فرض‌ها به این قضیه نگریسته و به‌همین علت نتوانسته‌اند نظری مطابق با واقع در این باره ارائه دهند. علمای شیعه طرفدار بازگشت ضمیر به پیامبر| و نزول سکینه بر ایشان هستند؛ در مقابل، مفسران عامه بر بازگشت این ضمیر به ابوبکر‌ اصرار دارند و آن را یک فضیلت بزرگ برای وی می‌دانند. هر دو گروه در این راه، به نوعی متفاوت با دیگری، به خطا رفته‌اند. به اعتقاد نگارندگان مرجع ضمیر «علیه» در این آیه ابوبکر است اما این امر فضیلتی برای وی نیست و خدای متعال از رهرو انزال سکینه بر ابوبکر، جان ارزشمند پیامبرش را حفظ نموده‌است؛ به زبان دیگر، فرود آمدن سکینه بر ابوبکر، موضوعیت نداشته‌است، بلکه مقدمه‌ای برای حفظ جان رسول خدا| بوده ‌است.